zarr不尊重xarray的块大小并恢复到原始块大小
我正在打开一个 zarr 文件，然后将其重新分块，然后将其写回另一个 zarr 存储。然而，当我重新打开它时，它不尊重我之前编写的块大小。这是 jupyter 的代码和输出。知道我在这里做错了什么吗？
bathy_ds = xr.open_zarr('data/bathy_store')
bathy_ds.elevation
bathy_ds.chunk(5000).elevation
bathy_ds.chunk(5000).to_zarr('data/elevation_store')
new_ds = xr.open_zarr('data/elevation_store')
new_ds.elevation
它正在恢复到原始分块，好像我没有完全覆盖它或更改其他一些需要更改的设置。
回答
这似乎是一个已知问题，并且在该问题的线程和最近合并的 PR中进行了相当多的讨论。
基本上，数据集在.encoding属性中携带原始分块。因此，当您调用第二个写入操作时，ds[var].encoding['chunks']（如果存在）中定义的块将用于写入varzarr。
根据 GH issue 中的对话，目前最好的解决方案是手动删除相关变量的块编码：
for var in ds:
del ds[var].encoding['chunks']
但是，应该注意的是，这似乎是一个不断发展的情况，最好检查进度以适应最终解决方案。
这是一个展示问题和解决方案的小例子：
import xarray as xr
# load data and write to initial chunking
x = xr.tutorial.load_dataset("air_temperature")
x.chunk({"time":500, "lat":-1, "lon":-1}).to_zarr("zarr1.zarr")
# display initial chunking
xr.open_zarr("zarr1.zarr/").air
# rechunk
y = xr.open_zarr("zarr1.zarr/").chunk({"time": -1})
# display
y.air
#write w/o modifying .encoding
y.to_zarr("zarr2.zarr")
# display
xr.open_zarr("zarr2.zarr/").air
# delete encoding and store
del y.air.encoding['chunks']
y.to_zarr("zarr3.zarr")
# display
xr.open_zarr("zarr3.zarr/").air