如何使用特定模块从R运行perl脚本？
我可以从终端运行 perl 脚本“myperlscript.pl”，没有任何问题。但是，如果我尝试从 RStudio 中运行相同的 perl 脚本，则会出现以下错误：
command <- "myperlscript.pl outputfile.txt"
system2('perl', command)
Can't locate Sort/Fields.pm in @INC (you may need to install the Sort::Fields module)
(@INC contains:
/Library/Perl/5.28/darwin-thread-multi-2level
/Library/Perl/5.28
/Network/Library/Perl/5.28/darwin-thread-multi-2level
/Network/Library/Perl/5.28
/Library/Perl/Updates/5.28.2
/System/Library/Perl/5.28/darwin-thread-multi-2level
/System/Library/Perl/5.28
/System/Library/Perl/Extras/5.28/darwin-thread-multi-2level
/System/Library/Perl/Extras/5.28) at myperlscript.pl line 4.
BEGIN failed--compilation aborted at myperlscript.pl line 4.
我在 /Users/admin/perl5/perlbrew/perls/5.26.2/lib/site_perl/5.26.2 中安装了 Sort::Fields 模块，它使用终端工作正常，但似乎 RStudio 中的 perl 没有索引该目录对于 perl 模块 - 我尝试将它添加到 @INC 但不知何故我无法让它工作......有任何想法或想法吗？非常感谢帮助！
最好的，海科
回答
您遇到的问题是您的 R 代码使用的是系统 perl (5.28) 而不是您的 pelbrew perl (5.26.2)。
您需要system2('perl', command)调用以使用 perlbrew perl 而不是系统 perl。
要从激活which perlperlbrew perl 的shell 执行此操作，请键入这应该为您提供 pelbrew perl 的完整路径。
将此完整路径作为第一个参数传递给system2(--result of 'which perl'--, command).